หลังเสร็จสิ้นการเข้าเงียบคณะบาทหลวงที่ศรีราชาเมื่อวันที่ 28 มกราคม ค.ศ.1952 พระคุณเจ้าฟรังซิสเซเวียร์ สงวน สุวรรณศรี ได้รับโทรเลขจากกรุงโรม ส่งผ่านมาทางฮานอย ซึ่งเลขานุการประจำสำนักเอกอัครสมณทูต โทรเลขส่งข่าวด่วนต่อมายังท่านสมณทูตขณะเดินทางไปจังหวัดนครพนม เพื่อเยี่ยมเยียนเขตมิสซังท่าแร่-หนองแสง ความว่า

พระสันตะปาปาแต่งตั้งคุณพ่อเป็นพระสังฆราชประจำเมืองเอโนอันดา ทำการแทนพระสันตะปาปาในมิสซังจันทบุรี โปรดโทรเลขยอมรับไปยังสำนักสมณทูต

ขอแสดงความยินดี และ อวยพร
ดูลี่— เอกอัครสมณทูต ยอห์น ดูลี่

ในวันที่ 8 มกราคม ค.ศ. 1953 คุณพ่อสงวน สุวรรณศรี ได้รับแต่งตั้งเป็นมุขนายกเกียรตินามแห่งเอโนอันดา ผู้แทนพระสันตะปาปาเขตปกครองมิสซังจันทบุรี จากสมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 12 และเมื่อวันที่ 22 เมษายน ค.ศ. 1953 ณ อาสนวิหารอัสสัมชัญ กรุงเทพฯ พระคุณเจ้าฟรังซิสเซเวียร์ สงวน สุวรรณศรี ก็ได้เข้ารับพิธีอภิเษกเป็นมุขนายก โดย พระสมณทูตจอห์น จาร์ลัท ดูลี ร่วมกับพระคุณเจ้าหลุยส์ โชแรง และพระคุณเจ้าเกลาดีอุส บาเยต์ 

พระคุณเจ้าฟรังซิสเซเวียร์ สงวน สุวรรณศรี ปกครองเขตมิสซังจันทบุรีจนถึงปี ค.ศ. 1970 จึงขอลาจากหน้าที่ เนื่องจากสุขภาพ ต้องพักรักษาตัวตลอดมาจนถึงวาระสุดท้าย รวมเวลาที่ปฎิบัติภารกิจในฐานะมุขนายกประจำมุขมณฑลถึง 17 ปี